Да, можно настроить как обмен данными из 1С: Розница в 1С: Бухгалтерию, так и двустороннюю выгрузку, но обычно используется вариант одностороннего обмена. Обмен информацией происходит на уровне справочников и документов. Перед настройкой рекомендуется сделать резервную копию базы.